モニタリング自体は、居宅サービスと移動支援をまとめて行っても問題はないでしょうがモニタリング記録は分けて作成したほうが良いかと。
モニタリングは、個別支援計画の実施状況や援助目標の達成度合いを評価するものであり、居宅サービスの個別支援計画と移動支援の個別支援計画に位置付けられているサービス内容や援助目標は双方で異なります。
なので、別々に作成しておいたほうが良いだろうと思われ、仮に双方をまとめて作成するのであればモニタリング記録様式内において居宅サービスのモニタリングと移動支援のモニタリングが明確に区分されている必要があると考えます。
ただ、移動支援は居宅介護や重度訪問介護などの自立支援給付とは全く異なる市町村事業ですので、市町村によって取り扱いがかなり違います。そのため市町村に聞いてみないことには申し訳ないですが明確な答えが出せません。一度管轄の市町村へ確認してみることをおすすめします。