これは障害福祉サービス単体の方でしょうか？介護保険の訪問介護と併用の方でしょうか？
居宅介護や重度訪問介護の障害福祉サービス単体ですと、もう少し詳しい情報を聞いてみないと何とも言えませんが、通常、区分5・6の方のみしか新規申請を受け付けないなどといった取り扱いは信じられません。直近でそういった改正なども聞いたことがないです。
そもそも障害福祉サービスの新規申請は、申請後に障害支援区分認定を行い、区分や利用意向、サービス等利用計画案等を踏まえて支給するサービスや支給量等が決定されるものです。
居宅介護は障害支援区分1以上（通院等介助身体伴うは2以上で詳細は割愛）、重度訪問介護は4以上（プラス必要な項目がありますが詳細は割愛）で利用できますから、区分5・6の方のみしか新規申請を受け付けないとなると、各サービスの対象者要件が破綻し、障害支援区分が意味を成さないといことになってしまいます。
支給量等の変更申請については、支給決定を行う市町村が支給決定基準等を定めているかと思いますので、確認されてください。支給決定基準には例えば区分３で独居等介護者がいない場合は○○時間までとか規定しているもので、訪問系サービスの場合、支給決定基準に照らしつつ障害支援区分やその他の勘案事項を踏まえて支給量が決定されます。
また、訪問系サービスは障害支援区分が支給量に密接に関連するものですので、区分3で支給可能な支給量が一杯の場合であっても、例えば利用者の心身の状況の変化等により支給量を増やす必要があると認められれば障害支援区分の変更手続きを行えるはずです。（とはいえ、区分変更の手続きを実際に行うかどうかは市町村が判断することにはなりますが）
