私の回答を少し補足します。
指定訪問介護事業の常勤換算に用いる「勤務延時間数」には、そらさんが仰るとおり労働時間内に訪問先がなく事業所で待機している時間も含まれます。
この根拠は、老企第25号および平成14年3月厚労省Q＆Aに、『「勤務延時間数」とは、「勤務表上、当該事業に係るサービスの提供に従事する時間または当該事業に係るサービスの提供のための準備等を行う時間（待機の時間を含む））として明確に位置づけられている時間の合計数」である。』と示されている通りです。
ただ、これはあくまで指定訪問介護事業に係るサービス提供時間および準備・待機時間として勤務表上に明記されている時間を勤務延時間数とする規定であり、法人内別事業である自費サービスの従事時間も含まれることを趣旨としたものではありません。
自費サービスと指定訪問介護事業とは別事業ですので、自費サービスに従事した時間は指定訪問介護事業に係る勤務延時間数に含めないのが基本です。（区分支給限度基準額をオーバーした場合の自費利用など、法定代理受領サービスに該当しない指定訪問介護であって自費として提供した場合の従事時間は当然含まれます。）
もちろん、厚労省は自費サービスの従事時間を含めないとも明記していないので、都道府県等の取り扱いによって異なる場合もありますし、ゆるい自治体では普通に自費サービスの従事時間も含めて良いところもあると思います。
ただ少なくとも私の所の自治体では認められていませんし、勤務表上においても指定訪問介護事業と自費を分ける、あるいは、双方を明確に区分して作成するように指導されています。
また各自治体の集団指導の資料を見ていても自費サービスの従事時間を除算することとしている場合が多いです。厳しい自治体では、指定訪問介護サービスと自費サービスを引き続いて実施する場合は同じ担当者ではなく別の職員が実施することと指導しているところもあります。
