基本的には双方の2時間ルールは干渉しないと考えて差し支えないかと思います。
介護保険の訪問介護も障害福祉サービスの居宅介護も、1日に複数回サービス提供を行う場合は、原則として前後のサービスを概ね2時間以上空けなければならず、空いていなかった場合は前後のサービスに要する所要時間を合算して算定(居宅介護は同じサービス類型の場合:身体と身体、家事と家事などに適用)となるわけですが、仮に9時~10時に訪問介護(身体介護2)を提供し、11時30分~12時に居宅介護(身体介護0.5)を提供した場合、双方を合算して算定するサービスコードなんて存在しませんし、そもそも別制度のサービスですから干渉されません。
ただし、これはあくまで報酬算定上の話です。
介護保険の訪問介護と障害福祉サービスの居宅介護は、みなし2号の方を除き、原則として介護保険の訪問介護が優先されますので、双方のサービスを併用できるのは、介護保険のみでは十分なサービス提供ができない等の利用者に限られます。
介護保険の対象となる利用者が、障害福祉サービスの居宅介護も支給決定されているということは、市町村等にサービス等利用計画を提出しており、それ相応の必要性があると市町村等から認められているということです。
ですから、プランの組み方としてはケアマネさんや相談支援専門員さんと十分に検討する必要があるでしょう。また、各自治体が独自にルールを設けている可能性もあると考えられますので、一度確認してみるのもよろしいかと思います。