ベースアップ手当について

[チロ参加者]

こんにちは。
職員の給与についてお伺いしたいのですが、基本給とは別に資格手当や、ベースアップ手当として支給されてると思います。
残業が発生した場合、残業代の支払いは基本給のみに倍率を掛けられてますか？もしくは基本給に資格手当やベースアップ手当も含めた合算に倍率をかけられますか？
ご回答よろしくお願いします。