やっくんさん、いつも当サイトをご利用いただきありがとうございます。管理人です。
色々と大変そうですね…。
>>分からないことは市町村に直接聞いてもいいのでしょうか？
そうですね。保険者によって必要な書類や書類の書き方、制度運用の方法など異なることが多々ありますので、わからないことは市町村に聞くのが鉄則です。
>>これは匿名でもいけるのでしょうか？
話の流れで、「当市の方（利用者）の話しですか？」とか「当市（県）で指定を受けている事業所さんですか？」とか聞かれることもありますので、当然、身分を明かした方が良いです。
ただ、特定のケースについて確認をとるのではなく、例えば当該保険者における一般的な考え方や解釈について聞きたいのであれば匿名でも問題ないように思います。（担当者によってはむちゃくちゃ態度が悪い職員もいるので気をつけてくださいね。泣）
>>また市町村の介護保険窓口に電話するのか、どこに電話したら良いのでしょうか、、、
内容にもよるかと存じますが、基本的には介護保険担当課もしくは運営指導課や指導監査室等の指導担当課のどちらかですね。
個人的には特定の利用者に関するケース相談を除いて、指導担当の部署へ確認するのが一番手っ取り早いかと。（介護保険担当課が分からないことや判断がつかないことは、指導課に聞いてくださいと回されることがあります）
なお、当該市が中核市や政令指定都市ではない小規模市町村の場合、指導担当の部署がない場合がありますので、その場合は市町村の介護保険担当課もしくは都道府県の運営指導の担当部局へ確認を取りましょう。
あと、役所へ確認する場合は、確認した日時・対応にあたった職員の氏名・確認内容を記録するようにしてください。実地指導（運営指導）時に突っつかれた際の根拠書類となりますので。
