介護保険訪問介護と障害福祉居宅介護を併用していて、どちらもあなたの事業所が訪問している場合であっても、それぞれのサービスにおいて算定要件を満たしているなら、当然に初回加算の算定は可能でしょう。
そもそも訪問介護は介護保険法、居宅介護は障害者総合支援法を根拠としており、別制度のサービスです。
事業所名は同じでしょうが、ある曜日は指定訪問介護事業所として、ある曜日は指定居宅介護事業所として訪問するわけで、週2回の居宅介護から週1居宅介護・週1訪問介護になったのであれば、訪問介護事業所からするとそれは新規の利用者です。
訪問介護の初回加算に係る留意事項通知に、「本加算は、利用者が過去2月間(暦月)に、当該指定訪問介護事業所から指定訪問介護の提供を受けていない場合に算定されるものである。」と記載があります。あなたの事業所は過去2ヵ月間に指定居宅介護事業所として指定居宅介護は提供していますが、指定訪問介護事業所として指定訪問介護は提供していません。
なので、新規に訪問介護計画書を作成していて、初回月中にサ責が訪問またはヘルパーに同行したなら初回加算は算定できると考えるのが自然かなと。うちにも訪問介護と居宅介護または重度訪問介護を併用しているケースは過去何人もいましたが、それぞれのサービスで初回加算を算定してます。
また訪問介護と居宅介護を一体的に運営している場合に別の取り扱いがある場合、例えば特例などがあるなら、省令や告示、各種通知、Q&Aなどで示されますが、私の知る限りそういったものはないはずです。(障害については平成21年QAで居宅介護と行動援護といった複数のサービスを1人の利用者に提供する場合、それぞれのサービスにおいて初回加算を算定できる旨が示されている)