常勤とは当該事業所における勤務時間が、当該事業所において定められている常勤の従業者が勤務すべき時間数（32時間を下回る場合は32時間を基本）に達していることをいいます。
今の状況は一時的なものではなくずっと続いているんですよね？
管理者とサ責は常勤が原則ですから、その二人の雇用契約書に記載されている勤務時間が1日8時間週32時間であり、就業規則に定める常勤の勤務時間が週40時間なら常勤職員ではないので基準違反ということになってしまいますね。
逆に就業規則に定める常勤の勤務時間が週32時間の場合は、二人は常勤となるので基準上は問題ありません。この場合、就業規則にどのように定めるかにもよりますが（単に週32時間と定めているか、複数の常勤パターンを定めているか等）、ふじさんは週40時間勤務となっているため給与形態が異なるはずです。
ほか、育児介護休業法の短時間勤務制度などを設けて利用している場合は週30時間勤務でも常勤扱いとなりますが、おそらく違うだろうとは思います。
