こんにちは。
要支援の利用者ということは総合事業ですね。
総合事業の介護予防型(現行相当)ならば要介護の訪問介護計画書と同じフォーマットを使用することが多いです。
また、長期・短期目標についてはおっしゃる通り、自治体によりけりです。ただ基本的にひとまとめでも問題ないと思いますよ。
実際、わたしの事業所で使用しているフォーマットは「援助目標」の欄しかつくってません。
訪問介護計画はケアプランに沿って作らなければならないので要介護のフォーマットには長期短期としているところが多いだけであって、要支援についてはその限りではないと考えます。
あと総合事業の生活援助型(緩和型)ならば、訪問介護計画書の代わりとなる書類を自治体が独自に定めていることもあるので注意してくださいね。